Τα αρωματικά φυτά αποτελούν μιαν ακόμη σπουδαία παράδοση για την Κρήτη. Βοτανολογικές μελέτες αποκαλύπτουν πως το νησί έχει ένα από τα πιο πλούσια και πιο ενδιαφέροντα οικοσυστήματα της Ευρώπης, με μεγάλο αριθμό ενδημικών φυτών, δηλ. φυτών που υπάρχουν αυτοφυή μόνο στην Κρήτη, όπως η μαλοτύρα (siderites syrioca) και ο δίκταμος (origanum diktamus L.) βασιλειά της ενδημικής χλωρίδας της Κρήτης γνωστός από την αρχαιότητα για την αντισηπτική του ιδιότητα. Ειδικά ο Ιπποκράτης συνιστούσε το δίκταμο ως "ωκυτόκειο" δηλαδή βοτάνι που έκανε τις γυναίκες να γεννούν ανώδυνα και γρήγορα.

Οι Κρήτες συλλέκτες αρωματικών φυτών προσφέρουν σήμερα στην αγορά πλήθος βοτάνων, όπως είναι η ρίγανη (origanum onites), ο βασιλικός (ocimum basilicum L.), το τίλιο (tilia cordata mill.), η μαντζουράνα (origanum majorana), το θυμάρι (thymus sibthorpii benth.), η μέντα (mentha), το δεντρολίβανο (rosmarinus officinalis), η δάφνη (laurus nobilis L.), το χαμομήλι (matricaria chamomilla L.), η φασκομηλιά (salvia officinalis) και άλλα. Ολα έχουν χρησιμοποιηθεί από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα ως φαρμακευτικά φυτά και είναι πολλά τα κείμενα των αρχαίων συγγραφέων που αποδίδουν στα βότανα εξαιρετικές θεραπευτικές ιδιότητες.